Поиск по PDB и содержание PDB файлов
1. Пример атомов с коэффициентов Occupancy, не равным 1.
Таким примером является структура 6HG7 фрагмента коллагена II содержащий сайт связывания PEDF и COMP. В PDB файле были обнаружены строчки:
В поле ATOM после номера аминокислотного остатка (22) указаны координаты x, y, z, определяющие положение центра атома в пространстве. Затем указан коэффициент Occupancy, который обозначает долю кристаллических ячеек, в которых атом имеет такие координаты. Затем указан температурный B-фактор и тип атома. Кроме того для C alpha атомов указан температурный фактор ANISOU, он характеризует смещенное расплывание электронной плотности атома. В данном примере атом CB 1183 имеет коэффициент Occupancy 0.51, то есть в 51% ячеек этот атом находится в позиции 6.316 -1.936 0.464, а в остальных ячейках в другом.
2. Пример Missing residues.
Missing residues(не расшифрованные аминокислотные остатки). Была найдена структура с расширением больше 3 Ангстрем 5YZL человеческой Archease D178A. В PDB файле были обнаружены строки, которые не получилось расшифровать в РСА-эксперименте:
Эта структура имеет разрешение 3.4 Ангстрем и 58 missing residues. Такими остатками как правило становятся подвижные остатки, которые при кристаллизаци белка не кристаллизуются одним образом.
3. Пример несовпадения последовательности природного белка (UniProt) и последовательности закристаллизованного белка.
Таким примером является структура 5Z1R человеческого белка BRD4.
C PDB структурой белка связаны три последовательности: (1) последовательность природного белка из Uniprot; (2) последовательность белка, который кристаллизовали - он может отличаться наличием тэгов, и быть частью природного белка, например, доменом; (3) та часть последовательности (2), которую удалось кристаллизовать. В выбранной структуре (1) и (2) не совпадают. Ниже представлены найденные в PDB файле строки:
В поле DBREF указан ID 060885 последовательности природного белка из Uniprot, состоящий из 168 остатков. В поле SEQADV перечень аминокислот, которые были генноинженерно введены тэгом в состав белка, вероятнее для выделения белка. Для этого белка всего 16 аминокислот. Также в этом PDB файле были обнаружены missing residues, их список ниже:
Этот список состоит из всего лишь 7 аминокислот, однако интересно отметить, что в него входят первые 5 аминокислот из тэга.
4. Пример лучшего и худшего B-фактора в структуре.
В том же PDB файле структуры 5Z1R был найден худший и лучший B-фактор (последняя цифра).
B-фактор или температурный фактор - характеризует надежность определения координат атома, то насколько "размазана" электронная плотность относсительно предполагаемого центра атома. Значение B-фактора больше 50 Ангстрем свидетельствует о большой подвижности атома и неоднозначности его расположения, тогда как значение меньше 10 Ангстрем о хорошей точности определения. В моем примере большинство атомов имело B-фактор ниже 20, а многие ниже 10, ни один не был выше 50, что говорит о точном определении положений атомов в структуре.
Ссылки:
© Кузнецова Ксения, 2015